后来,李本荣调任县委组织部长,担负起教育党员干部、健全党的组织、巩固抗日民主政权、坚持持久抗战的重要任务。他经常到各党支部宣传革命思想和理论,从国际形势讲到国内局势,从敌我力量对比讲到斗争的长期性和复杂性,从今后的对敌各项工作任务讲到取得最后胜利的战略方针,用浅显易懂的方式全面武装了革命群众的思想。在那个年代,经常是会开到一半就被敌人盯上,不得不临时组织战斗、突围转移。即便斗争环境如此恶劣,李本荣仍然坚持开展宣传教育,甚至把工作做到了日伪军当中。当时,前后两任伪军队长都被成功争取,对我方的抗日活动,他们均是视而不见、听而不闻。
1941年,日军加大了对长桓地区的掠夺和镇压,抗日斗争形势不断恶化,两年时间内,日军推行了5次治安强化运动,对敌后抗战军民和无辜百姓进行了惨无人道的大扫荡,所到之处粮食财物一扫而光,多个抗日组织遭到严重破坏。1941年6月,时任县委副书记的李本荣组织召开了历史性的甘鲁乡县委扩大会议,及时纠正了“左”倾盲动的错误,正确施行“长期埋伏,等待时机,准备反攻”的工作方针,在当时斗争形势极其困难的情况下,防止了形势的继续恶化,避免了党组织遭受更大破坏,有效地转变了危局,保存了革命力量。
1943年,抗日战争进入最残酷的阶段,从1月份开始,以张店日军为主力,济南、惠民、青州、潍县等地日军配合,对桓台进行了史无前例的合围反复大扫荡。一年时间内,千人以上的扫荡50余次,万人以上的扫荡3次,累计出动日军超过5万人次。最后一次扫荡从5月27日持续至9月10日,长达三个半月,所到之处无分别疯狂屠杀,所用手段灭绝人性,残酷至极,无法描述。当时,桓台已与上级失去联系,接任工委书记的李本荣孤悬敌后,舍生忘死,同敌人展开了百折不挠的殊死斗争。1943年3月8日,李本荣被叛徒出卖,突围中寡不敌众,弹尽无援,不幸被俘,7月25日惨遭杀害,当时年仅27岁。在狱中,他被宪兵队长亲自审讯,在近5个月的时间里,李本荣熬尽酷刑,最终日军没有问出一点有用的东西。
李本荣是桓台地区革命军民的杰出代表,小清河伏击战是桓台乃至长桓地区抗战的开篇之作,像这样敢于斗争、开创先河的人和事,桓台历史上灿若繁星、不胜枚举。正是一个个舍生忘死的“李本荣”、一次次奋勇当先的“小清河伏击战”,构成了桓台这片土地上波澜壮阔的革命斗争史。在这个过程中,中国共产党带领人民历尽苦难、流尽鲜血,用血肉之躯和坚强意志重铸了民族的灵魂和脊梁,可以说,红色政权来之不易、新中国来之不易。毛泽东同志曾在党的七大上指出:“从古以来,中国没有一个集团,像共产党一样,不惜牺牲一切,牺牲多少人,干这样的大事。”据不完全统计,从1921年至1949年,全国范围内仅有名可查的革命烈士就达到370多万人,平均每天有370多人牺牲。所有这些,凝结成一句话,那就是——“为有牺牲多壮志,敢教日月换新天”。